경기도의 1인당 자체세입이 전국 상위(3위)를 웃도는 반면, 지방교부세와 국고보조금으로 구성되는 이전재원을 포함하면 1인당 세출예산액이 하위권(13위)을 맴도는 것으로 나타났다. 국고보조금의 재정형평화 기능이 강조되면서 이처럼 자치단체 간 재정력이 역전되는 현상이 발생하고 있다.

경기개발연구원 송상훈 연구위원은 <국고보조금 제도가 변해야 재정이 산다> 보고서에서 국고보조금이 재정력이 낮은 자치단체에 집중적으로 지원되고 있어, 본래 목적과 다르게 자치단체에 대한 재정통제 기능으로 변모하고 있다고 지적했다.

중앙정부와 지방자치단체 간 이전재원은 국고보조금과 지방교부세로 구분된다. 국고보조금은 중앙정부가 특정목적을 달성하기 위해 용도를 정해 교부하는 재원이다. 반면 지방교부세는 재정형평화를 목적으로 하며 일반예산으로 사용된다.

지난 10년 간 꾸준히 증가해 온 국고보조금은 2013년 34조 1천억 원으로 2004년 12조 5천억 원에 비해 약 22조원이 늘었다. 국고보조금은 또한 2009년을 기점으로 지방교부세 규모를 넘어서고 있어 초기 목적은 사라지고 자치단체에 대한 재정통제 기능으로 활용되는 모습을 보인다. 매칭펀드 형태의 국고보조사업 증가로 커진 자치단체의 지방비 부담은 재정자립도 악화로 이어졌다.

실제 국고보조사업에 대한 국비 대 지방비 부담비율은 2004년 68:32에서 2013년 60:40으로 나타났다. 지방자치단체의 재정자립도는 2004년 57.2%에서 2013년 51.1%로 낮아졌다.

반면 중앙부처는 국고보조사업을 조직유지 수단으로 인식하고 사업수나 규모감축에 대한 점검이 미흡하다. 자치단체는 지방사업에 해당하는 경우도 국고보조사업으로 신청하고 있다. 이로 인해 부처간 뿐만 아니라 동일 자치단체에서도 유사하거나 중복된 보조사업이 시행되고 있어 재원낭비가 극심하다.

자치단체와 사업간 차등적인 국고보조율 적용도 문제다. 일례로 사회복지 관련 국고보조사업 중 하나인 영유아보육사업의 경우 기준보조율이 서울은 20%인 반면 지방은 50%이다. 또한 국가 재정책임이 확대되어야 할 보육사업은 다른 복지사업에 비해 보조율이 낮아 지방재정 부담을 가중시키고 있다.

송상훈 연구위원은 국고보조사업의 효율적 관리를 위해 지나치게 세분화 된 사업은 통폐합해 점진적으로 축소해 나갈 것을 주장했다. 국고보조율은 파급효과의 범위에 따라 재조정하고, 국고보조사업 운용평가를 성과평가 방식으로 전환하자는 의견도 덧붙였다.

지역특성을 지니는 국고보조사업은 지방사무로 이전하고 지방의 자체재원으로 충동할 수 있도록 국세의 지방세 이양과 지방교부세 확대가 요구된다고 설명했다. 국고보조사업 운용평가를 성과평가 방식으로 전환하고 성과평가지표도 개발해야 한다고 주장했다.