행정자치부에서 주관하는 2016년도 자율적 내부통제 평가결과, 동두천시가 경기도 3위, 전국 지방자치단체 중 상위 5% 이내인 S등급을 달성해 3년 연속 내부통제 우수기관임을 입증했다.
 
자율적 내부통제는 지방자치단체 스스로 비리와 행정오류를 예방하도록 하기 위해 행정자치부에서 2014년도 본격 보급한 제도로 3개 분야 (청백e시스템, 자기진단, 공직자자기관리)로 구성되어 있으며, 행정 전반 오류의 사전 모니터링 및 공직윤리 실천을 관리한다.
 
내부통제 제도 도입 이후 동두천시의 자체감사는 사전 적발 예방 위주의 감사체계로 감사방향이 변화되었으며, 또한 34종의 공직윤리 특수시책을 발굴 관리해 내부통제뿐 아니라 청렴도 향상에도 상당한 영향을 미쳤다고 분석했다.
 
시는 내부통제 제도의 효과성을 높이기 위해 청백-e시스템 예방 시나리오 및 자기진단 신규발굴에 주력하는 한편 내부통제 교육강화로 우수 기관으로써의 명성을 계속 이어나갈 계획이다.